日本的民间非营利组织分为共同利益法人（又称中间法人）、广义的公益法人及任意团体三大类。“共同利益法人”类似我国的行业协会、商会、联谊会等互益性组织；“广义的公益法人”包括9种：社团法人、财团法人（以上两种法人统称为“公益法人”。其中“财团法人”类似我国的基金会）、特定非营利活动法人（含“认定NPO法人”，两者区别在下文中解释）、社会福利法人、医疗法人、学校法人、宗教法人、职业训练法人、改造保护法人（对原服刑者实施改造保护）。任意团体是指无法人资格的公益性、非营利性团体，与我国的社区民间组织和乡村民间组织比较相似。
日本现有公益法人2.6万个，有特定非营利活动法人2.3万个、全国有社会福利法人1.9万个、医疗法人3.9万个、学校法人（指私立学校）0.76万个、宗教法人18.3万个、职业训练法人420个、改造保护法人160个。以上7种法人都须政府主管机关批准。除了公益法人是根据1896年日本《民法》第34条成立以外，其他法人都是根据各种特别法成立的。任意团体又称“无权力能力社团”，是公民依据法律所规定的结社权成立的，无须登记就可以开展活动。任意团体的总数没有确切的统计，估计有好几万个。
1896年，日本颁布的《民法》中规定了“公益法人”制度，允许国民成立社团法人和财团法人。皇室成员带头为财团法人（即基金会）捐款，目的是救助老弱病残幼。在战后日本非常困难的时期，公益法人为稳定社会、安抚人心起到了不可替代的作用。但是，公益法人制度有很多问题：公益法人的成立需要政府批准，并要受到主管机关的监管，公益法人的作用被视为“行政机关的末端”；公益法人制度对于“公益性”的界定不很清晰，公益法人的标准不透明，完全靠行政机关的自由裁量，批准期限也没有规定；对于公益法人的行政监管过多、过严（制度规定：成为公益法人即可自动享有减轻课税等优惠待遇，给了行政进行监督的理由）；公益法人只接受政府机关的监管，而不向社会公开信息，从而形成“封闭性运行”，市民参与不够。总之，公益法人制度已无法满足越来越成熟的市民社会的要求。大量的公益性团体因为很难取得法人资格，就以“任意团体”的形式在社会上活动。上世纪90年代日本的任意团体达9万多个。1995年的阪神大地震是一次严重的自然灾害，灾后救助中暴露了政府机构的各种弊端，同时也给了NPO发挥作用的机会。从那以后，日本政府和市民都认识到：一个完善的社会不能没有NPO的存在，政府应当支持NPO的发展。
在一些议员的努力下，1998年日本“NPO法”诞生了。这是一部针对“公益法人制度”的缺陷而制定的法律，同时又保留了公益法人制度的基本特征。“NPO法”降低了“公益法人”的条件，会员只需10人以上，不要求有注册资金和固定办公场所；使用了“以增进不特定多数人利益为目的”的表述，对“公益性”做出了合理的界定；明确了NPO法人的要件，将过去的“许可制”改为“认证制”，只要申请人满足了公益法人的要件原则，行政机关就得予以认证，并对审批期限做出规定。“NPO法”还规定：NPO法人只要没有违反政令等行为，行政原则上就不对其进行监管，而完全交给民间自治。为此，法律规定NPO必须实行“信息公开制度”。关于NPO法人的税收优惠政策，由于成立的“门坎”已降低，就不可能再对NPO法人普遍给予减税优惠，而是对于NPO法人所从事的33种收益事业以外的活动，如收取会费等明显的非营利性活动免税。由于“33种收益事业”已将所有经营、创收性质的活动全部归纳进去了，所以，对于一般NPO法人而言，除了会费不纳税，其他所得都须纳税。但是对于那些以从事慈善、救助为主要宗旨的团体，税法另外设置了“认定NPO法人”制度，由税务部门依据7个条件来审批“认定NPO法人”，对于“认定NPO法人”给予特别优惠的减免税待遇，包括对“认定NPO法人”本身和对捐赠人的课税减免。不过，由于条件比较严苛，“认定NPO法人”制度实行以来的4年间，全日本只审批了37个“认定NPO法人”。据介绍，“认定NPO法人”条件中最难达到的是这样一条：“NPO组织获取的募捐款要在1000万日元以上，且每个人（或单位）的捐款额不得超过募集款总数的5%”。这就是说，假如一个NPO法人募集的善款不到1000万日元，或者募到了1000万日元，但捐献者少于200个人（或单位），就不具备申请“认定NPO法人”的条件。这个制度的立法本意是要求NPO法人动员更多的人（企业）参与社会公益活动，这也是对NPO组织的筹资能力、动员能力（这两种能力都与该组织的社会公信力有很大关系）的考验。“认定NPO法人”不是终身制，评一次管两年，期满后可以申请续评。
1998年的“NPO法”颁布后，对于日本市民社会的形成起了很大的作用，直接促进了NPO的发展。几年时间，登记为NPO法人的组织达到2.3万个，在数量上已接近前100多年登记的“公益法人”总和。随着NPO活动的广泛开展，人们对其认知的程度也高了。过去NPO的活动多半被看作是反政府运动、持不同政见分子的活动，而现在，这种偏见在消除。不但参与NPO的人越来越多，而且成份多样化，各种阶层、年龄、性别、行业的人都有。政府的各种政策措施中以NPO为对象的内容也在增加，许多地方自治政府提出了“NPO分担公益事业”的观点，主动将NPO视为合作伙伴。专家介绍：目前在日本的“都道府县”（相当于我国的直辖市、自治区、省政府）一级，不与NPO合作的地方政府可以说已经不存在了。有的地方，如千叶县，甚至提出“NPO立县”的口号，在“环境生活部”下设立了“NPO推进活动课”，安排专门的人力、财力推进本地NPO事业。日本政府正在将越来越多的公共设施交给NPO管理，并为此设置了各种针对NPO的“公开募集型补助金制度”以及委托管理事业费（购买服务经费）。很多地方政府建立了NPO支援中心，为NPO的活动提供全面、周到的服务。市川市还从2006年4月开始实施“市川市1%支援制度”，以立法的形式规定：政府将税收的1%用于支援NPO，至于给哪一个NPO，由市民（纳税人）投票决定。
企业纷纷创立了多种支援NPO的赞助金、捐款制度，企业自行设立的财团也增加了面向NPO的项目。
随着时间的推移，“NPO法”的缺点也逐渐暴露，主要是：“门坎”低了，许多NPO未经周密筹划，缺乏完善的运营计划就匆忙成立，成立之后困难重重，以致于近三四年来，NPO解散的数量成倍增长，。人们还批评：“认定NPO法人”的条件过于严格，以至于全国只有三十多家“认定NPO”。另一方面，法的恶意运用及滥用开始出现：暴力团、诈骗犯等打着NPO法人的幌子进行犯罪的时有发生，破坏了人们对NPO的信任。于是，对1998年NPO法的修改被提上议事日程。据内阁府官房“行政改革推进事务局”官员介绍，日本政府已经认识到：“随着个人价值观变得多样化，社会的需求涉及众多领域，在行政部门、民间营利部门所无法满足的社会需求，通过民间非营利部门则可能提供多样的服务，对民间非营利部门在社会经济体系中进行积极定位显得尤为重要”。因此2003年6月27日和2004年12月24日内阁会议决定：要彻底改革公益法人制度。“鉴于对调整行政角色的重要性的认识”，要“废除现行的主管政府机关的成立许可制度，以建立符合21世纪我国社会经济的高度透明的新结构为目标”，进行公益法人制度的改革。 目前，新的公益法人制度已呼之欲出，改革的要点是：改变现行的成立公益法人的许可制，将取得法人资格与判断公益性分开对待，创设不管是公益性还是互益性、只要满足登记条件都可以简单成立的一般的非营利法人制度，在此基础上，再对公益性非营利法人予以判别。同时对现行的由各主管部门判断是否许可“特定非营利性公益法人”（认定NPO法人）设立的“主管部门制”进行彻底调整，在内阁设立由民间有识之士组成的委员会，对一般的非营利法人的目的、事业等公益性进行判断。改革方案将于2006年提交国会审议。套用一句中国的习语，可以预见，改革后的日本NPO法律将切实体现“民办、民管、民受益”的原则。
日本NPO的活动
日本现行的NPO法对会员的人数限制是10人以上即可，对于经费和办公场所没有硬性规定。会员可分为正会员与准会员两种，两者在缴纳会费和权利义务方面都有所区别，准会员有点类似中共预备党员，没有选举权和被选举权，成为“准会员”一段时间后，组织认为成熟的时候，可转为会员。日本NPO法人的组织机构、决策程序、活动方式都与我国社团大同小异，有的只是名称上的差别，如我国的“秘书处”，日本叫“事务局”等等。
日本NPO与中国NPO相比，有两个明显的特点：一是政府对于NPO信赖程度较高。如日本工业经济联合会（简称工经联），由全日本1400多家特大型企业组成，下设77个专业委员会，多数会员单位的董事长身兼国会议员等职。据介绍，其业务主管单位经产省以及外务省等政府部门对工经联都非常尊重，政府制订重要的经济政策、外交政策时都要听取工经联的意见。加入工经联的企业家都是经济界巨头，他们履行联合会的职责非常认真，将相当多的精力用于处理工经联的事务，经常到处视察、调研、了解行业的状况，然后向经产省、财务省、外务省等部门提出各种政策建议。国家根据他们的建言，决定对某一行业减税（增税）以促进（或暂时抑制）其发展，乃至对某项重大国际事务表态时作参考。
都、道、府、县地方政府也越来越多地采取与NPO合作的方式推进各项事业。如千叶县从2003年开始，在全国首创了“推动由NPO、市民作为主人公进行地区建设的事业”。 各市、町、村（相当于我国的县区、乡镇）根据当地NPO的特长，确定共同推进事业的主题。如市原市的共同推进事业主题是“建设充满活力的市原我的家乡”，，浦安市是“建设安心、安全的城市”等等。地方政府、NPO、市民三方联手合作的运作模式是：由NPO与县、市町村共同组建项目小组，定期召开小组会议；成立项目推进委员会，支援项目小组，推动NPO对课题的解决；发行专门的新闻快报等，进行富有成效的宣传，促进市民积极参加NPO活动。现在这一模式已在全国推广。
